首先，专业人干专业事。
想要提高高新技术企业的通过率，就要对其申报流程有一定的了解，另外申报材料最好找专业人士编写。
其次，拥有自主知识产权是高新技术企业认定成功的秘诀。
国家之所以强调企业必须拥有对核心技术的自主知识产权这个条件，就是为了借此来推动企业的技术创新、加大企业研发投入，以推动企业将自主研发和创新能力落到实处。而这恰恰是很多企业以前忽视或欠缺的。如果企业没有知识产权，或者仅有商标权，都将难以通过高新技术企业认定。
第三，企业一定要单独核算研发费用。
高新技术企业认定主体要以研发型企业为主，并对企业科技人员比例、研发费用比例等提出了严格要求，没有开展研发活动，单纯从事高新技术产品生产加工的企业，将不再被认定为高新技术企业，研发费用不足也是企业普遍存在的问题。很多企业因为过去管理松散，没有单独核算研发费用，造成目前研发费用不足，也会成为高新技术企业认定的障碍。企业应该及早做好策划，尽快拿出可行的操作方案，有步骤、有目的地准备有关资料。
第四，销售合同需分散。
对于申报所需的销售合同需分散，不能集中在某一年，若企业只成立了两年，需分散到两年，若企业只成立了一年，可集中在一年。对于所需的年度审计报告，若企业只成立了一年，可提供上一年后半年审计报告和本年上半年审计报告。
第五，各个部门要分工协作。
企业研发部重点做以下工作：做好本年度研发工作总结，为财务提供当年的研发项目清单及立项报告，协助财务部做好研发费用核算；做好本年度研发成果转化清单；做好研发工作的资料收集建档；做好下一年度的研发计划，包括项目、人员、设备、费用预算等，并交财务部门备案；做好下一年度知识产权的获取计划。
企业人事部重点做以下工作：报劳动人事报表时与财务数据保持统计口径一致；做好明年科技人员的招聘计划，保证科技人员占比达到10%的文件要求；做好相关人员的证书资料归档备查。
企业财务部重点做的工作：按照高企工作指引要求，建立研发费辅助账，在研发部的协助下，合理归集研发费用，做好核算工作。
通过高新技术企业认定分别有四个直接好处、八个隐形好处。
四个直接好处就是税率优惠、政府奖励、“加计扣除”优惠政策和教育经费抵扣。
除了直接的税率优惠、政府奖励，第三个直接好处就是企业研究开发费用税前扣除，也就是’加计扣除’优惠政策”。’加计扣除’是国家一项鼓励企业开展研发活动的税收优惠政策。企业开展研究开发活动发生的研发费用，可按150%的比例，抵扣当年的应纳税所得额(或税前摊销)。 第四个直接好处就是企业职工教育经费不超过工资薪金8%的部分，准许税前扣除。
隐形好处：
第一，有助于企业品牌的提升。“高企是企业重要荣誉，因为它是科技类企业唯一’国’字招牌，是企业实力的最佳象征。对于企业广告宣传和企业形象可以起到非常好的作用。
第二，成为高企，是企业实力、能力的体现。
第三，可以吸引投资。企业有了金字招牌，自然更容易获得V的投资和各大银行的贷款。
第四，可以吸引人才。科技创业的核心是优秀人才，成为高新技术企业，自然会吸引更多的优秀人才聚集。
第五，高新技术企业产品优先纳入政府采购体系。
第六，高新技术企业人员可以参加“人才项目”评选。
第七，高新企业是申请政府一些专项资金的前提。
第八，银行收紧贷款政策时，高新企业可申办无抵押信用贷款。