ISO9001认证是企业产品获得“通行绿卡”的最直接最有效的途径。通过认证在打破贸易壁垒，提高产品知名度，降低生产成本，提高经济效益，维护消费者权益，减少重复审核负担等方面的作用越来越为企业界所共知。
这些年我国产品质量抽查统计数字表明，中小企业产品质量合格率远低于大型企业。同时，中小企业ISO9001认证的步伐也慢于大型企业，许多意图获得认证或已获得认证的中小企业，其实际质量管理水平也没有明显地提高。这其中归纳起来存在以下一些问题：
中小企业在实施ISO9001认证过程中存在的问题：
1、质量意识相对低下
一些长期以来实行计划经济体制的中小企业，其主要任务是“完成指标”、“符合标准”。在领导及员工的思想中树立的是“数量”的观念意识，有些甚至只求数量，忽视质量，连起码的符合标准都做不到。
对于一些私营企业，质量低下的主要原因在企业主管，由于自身素质限制，他们关心的首要问题是企业的近期效益，对企业的生存与发展缺乏长远规划及战略考虑无视新生企业的挑战和国际竞争的冲击，从某种程度上讲，这样的企业质量管理水平实际上已弱化，发展潜力非常有限。“质量是企业的生命”，质量没做好，这正是中小企业普遍寿命不长的根本原因。
2、对ISO9001认证在认识上的误区
（1）认为ISO9001质量体系只适用于大企业，对中小企业而言却难以操作，贯标在时间、精力与成本上的耗费远大于贯标所得的收益；
（2）将ISO9001质量认证习惯地看作是新的行政性检查、评比、验收，从而对认证工作也采取习惯性的应付态度；
（3）重视结果不重视过程，认为认证就是拿到“证书”，在销售竞争、产品出口、公司上市时可以谋取便利，因而匆忙贯标、认证，限期完成。这与ISO9001族国际质量标准的精神实质背道而驰。
3、质量管理基础工作发展滞后
4、对质量管理工作的投入严重不足
5、管理者代表随意任选
6、在咨询机构、认证机构选取及认识问题上存在误区
（1）由于企业主管只重结果，仅求拿证，只要咨询公司承诺拿证，则贯标耗时长短、咨询价格成为首先考虑因素，咨询公司提供的服务内在质量如何却很少考虑。
（2）要求咨询公司全权包办。要求咨询公司根据所掌握的企业情况代写文件，代作内审，甚至认证机构来审核，也要求咨询公司装作员工来应付询问，结果贯标与实施各行其道。
（3）认证机构选择任意。企业不注重考察认证机构的背景，图便宜图省事，有很大的随意性。而目前认证机构也的确存在管理不严，分支机构众多等问题，派生出的认证公司鱼龙混杂，随意颁证卖证。
中小企业在实施ISO9001认证过程中须采取的对策
1、树立“质量”的自觉观念
通过广泛的培训与教育，使经理层与全体员工都明确在今后国际化的市场竞争中，质量不同的产品，质优者胜，有质量才有市场，有市场才有效益，因而ISO9001质量体系认证并不是谁强加给本企业、本部门的苦差，不是“人家要我干”，而是“自己需要干”。还应使经理层与全体员工都意识到ISO9001质量体系涉及企业所有员工，必须全员参与。
2、提高对ISO9001对质量认证的认识
ISO9001系统的内在属性事实上是灵活的、柔韧的，它适用于任何行业任何规模的企业，对中小企业同样适用；
3、制定合乎企业需要的质量体系，以合理的投入获取最大的效益
企业应给予贯标工作精力、时间和成本上合理而充分的投入。从另一角度来说，不必把原有的规章制度、工艺流程等文件废除，另起炉灶，而是按照企业的实际，比照选定的体系要素，对现有的一些程序化的规章、制度、操作规则进行删除、增补。
4、慎重选择管理者代表
5、重视全员培训及后期管理
ISO9001的所有标准程序文件、质量计划等都要靠人去执行。因此加强培训提高人员的素质，适应管理、执行、验证等工作的需要是保证ISO9001质量体系持续正常运行，实现质量方针和目标的首要因素。
6、慎重选择咨询与认证机构
一般而言，企业的ISO9001认证过程需要有专业咨询公司的参与，以便理清头绪、加快进度、少走弯路。在选择咨询公司时，要考察咨询公司规模的大小，是否有来自不同专业领域的咨询人员，其专业知识与实际管理背景是否广泛，对中小企业进行咨询的经验是否丰富，能否策划进行完整的培训，能否提供实地观摩的机会等问题