企业按要求填写《高新技术企业认定申请书》，通过网络系统提交至认定机构，并向认定机构提交下列书面材料：
(一)《高新技术企业认定申请书》(在线打印并签名、加盖企业公章)；
(二)企业依法成立的《营业执照》等相关注册登记证件的复印件；
(三)知识产权相关材料(知识产权证书及反映技术水平的相关材料、参与制定标准情况等)、科研项目立项相关材料(已验收或结题项目需附验收或结题报告)、科技成果转化(总体情况与转化形式、应用成效的逐项说明)、研究开发组织管理(总体情况与四项指标符合情况的具体说明)等相关材料；
(四)企业高新技术产品(服务)的关键技术和技术指标的具体说明，相关的生产批文、认证认可和资质证书、产品质量检验报告等材料；
(五)企业职工和科技人员情况说明材料，包括在职、兼职和临时聘用人员人数、人员学历结构、科技人员名单及其工作岗位等；
(六)经具有资质并符合《高新技术企业认定管理工作指引》相关条件的中介机构出具的企业近三个会计年度(实际年限不足三年的按实际经营年限，下同)研究开发费用、近一个会计年度高新技术产品(服务)收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
(七)经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告(包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书)；
(八)近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表(包括主表及附表)。
对涉密企业，须将申请认定高新技术企业的申报材料做脱密处理，确保相关信息安全。
知识产权软指标
知识产权 – 30分
a) 技术的先进程度（8分）
技术的先进程度是一个相对比较主观的打分项，主要通过企业提交的知识产权类型与内容，高新申请表中RD表（企业研究开发活动情况表）中的核心技术及创新点描述来呈现，因此企业在准备RD表时，可以尽可能多的使用量化指标体现技术的先进性。
b)对主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用（8分）
知识产权对主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用同样是一个比较主观的打分项，主要通过PS表（上年度高新技术产品（服务）情况表）中“知识产权获得情况及其对产品（服务）在技术上发挥的支持作用“来展现，因此可以重点突出知识产权核心技术与主营业务真实的关联性。
c)知识产权数量（8分）
知识产权的数量与质量会影响高新技术企业的评分，其中Ⅰ类知识产权（例如发明专利等）分数会优于Ⅱ类（例如实用新型、外观专利、软著等），Ⅰ类知识产权可以重复使用，Ⅱ类知识产权在申请高新技术企业时，仅限使用一次。
d)知识产权获得方式（6分）
通过自主研发（1-6分）获得的知识产权得分高于通过受让、赠予和并购（1-3分）获取的。
科技成果转化能力 – 30分
科技成果是指通过科学研究与技术开发所产生的具有实用价值的成果（专利、版权、集成电路布图设计等）。科技成果转化是指为提高生产力水平而对科技成果进行的后续试验、开发、应用、推广直至形成新产品、新工艺、新材料，发展新产业等活动。
企业通过研发获得专利，但是获得的专利并不一定会为企业带来经济利益的流入，因此该项考察的主要是企业通过研发获得的成果是否能够有效转化形成产品。
该项合计30分，根据近3年内科技成果转化的年平均数以此进行评分：≥5项（25-30分）；≥4项（19-24分）；≥3项（13-18分）；≥2项（7-12分）；≥1项（1-6分）；0项（0分）；此外，关于科技成果转化能力的文字性描述主要体现在“企业创新能力表“中，企业需要直观的向评委展现企业科技成果转化的能力。同时，企业需准备好转化证明资料，尽可能的丰富，包括与某项成果转化相关的合同、发票、设计图纸、设计方案、说明书、操作手册、技术诀窍、检测报告、检验报告、查新报告等
研究开发组织管理水平 – 20分
a)制定了企业研究开发的组织管理制度，建立了研发投入核算体系，编制了研发费用辅助账（6分）
此处包括了制定完善的研究开发组织管理制度、建立规范的研发投入核算体系以及编制研发费用辅助账三项内容。
b)设立了内部科学技术研究开发机构并具备相应的科研条件，与国内外研究开发机构开展多种形式产学研合作（6分）
此处主要包括两点，一是企业内部设立专门的研发机构并满足一定的标准（必要时可以申请外部第三方认证），一是与国内外研究机构（例如高校）开展产学研合作，需要提供相应的合作协议以及发票（合作期限需要在申请周期之内）。
c)建立了科技成果转化的组织实施与激励奖励制度，建立开放式的创新创业平台（4分）
除去企业需要就科技成果转化的组织实施与激励奖励形成制度文件之外，企业可以通过建立内部或外部平台鼓励创新。
d)建立了科技人员的培养进修、职工技能培训、优秀人才引进，以及人才绩效评价奖励制度（4分）。
企业成长性 – 20分
a)净资产增长率
b)销售收入增长率