一、领域方面
国家重点支持的高新技术领域(八大领域)
电子信息、生物与新医药、航空航天、新材料、高技术服务、新能源与节能、资源与环境、先进制造与自动化。
二、知识产权技术含量不高
实用新型专利从申请到授权大概：5-8个月左右，发明专利从申请到授权大概：26-38个月左右。大多数知识产权数量不够，又急于申请高企的企业想保证“拥有自主知识产权”项加分最快捷的办法就是选择软著申请。
企业仅为了申报高企而申请软著，知产关联性低，这就导致企业知识产权评分不高。
三、企业不清楚核心指标
专家在进行高企认定评审时，注重对企业创新能力的评价，包括企业知识产权（30分）、科技成果转化能力（30分）、研究开发组织管理水平（20分）、企业的成长性（20分），四项指标满分为100分，综合得分达到71分及以上为符合认定要求。
四、科技成果单一，关联性差
新的工作指引对科技成果转化形式进行了多样化，丰富了企业将研发的技术成果进行产业化的方式，并要求年平均转化5项以上。
注：、每年转化5项以上;同一科技成果分别在国内外转化的，只计为一项;同一科技成果转化为多个产品、服务、工艺、样品、样机等的，只计为一项。
五、财务核算不规范
财务核算不规范是很多企业高企认定失败的主要原因，常见问题有：研发费用含无形资产摊销金额而财务报表中无形资产、会计报表没有研发核算、多个研发项目的研发经费雷同、研发费用大于管理费用等。
六、企业人员资质
新的高企认定办法在人员方面降低了要求，将科技人员与研发人员统称为科技人员，比例要求统一为10%，取消了大专以上的学历的限制，这些调整为企业处理人员问题提供了有利条件。