一、未选择合适的技术领域进行申请
技术领域选择有误
申报的技术领域应属于国家重点支持的高新技术领域，并且企业在该领域应有实际的研发和创新活动。如果该企业高新技术产品多种多样，采用的技术属于不同领域，要选择占高新收入较高的产品（服务）所采用的技术来确定技术领域。
同时，所提供的知识产权如专利、软件著作权等应与企业实际开展的业务相关，并具备真实的佐证材料。在申报过程中，必须核实知识产权的真实性和合法性，确保其与企业的技术研发和创新活动相符。
二、不能准确核算或不规范
高新产品（服务）收入不能分别核算；研发费用不能准确归集及核算(没设置研发支出核算科目，部分企业没有设置研发费用辅助账)；企业账簿数据、高企认定申报数据与所得税年报申报数据有出入且数据较大，更正申报前研发费用不达标而更正申报后研发费用达标等。
企业在申报时应提供真实、合规的研发费用支出凭证。因此，企业在申报前应对研发费用的支出进行严格审核，确保其与企业实际研发活动相关，并提供真实可信的支出凭证。对于与研发活动无关或支出凭证真实性存疑的情况，应予以剔除或补充证明材料，以避免因虚假申报或材料不完备而面临的税务风险。
三、高企申报数据与税务申报不一致
高企认定申报数据与所得税年报申报数据不一致，如职工人数、销售收入、收入总额等。
“三表一致”，即企业年度所得税纳税申报表损益类数据（重点是期间费用明细表、高新技术企业优惠情况及明细表、研发费用加计扣除优惠明细表）、企业财务年度审计报表、研发投入专项审计报告中的企业研发费用数据要求基本一致。“三表一致”实际上指的是研发费用在三表之间存在一定的逻辑关系，三表一致指的是研发费用在三表合计额的基本一致。
四、研发管理制度的实际执行情况存疑
检查时发现研发人员的实际从业经历与履历不符，且研发管理制度的实际执行情况存疑。
企业如果发现研发人员从业经历与履历不符或研发管理制度的实际执行情况存在问题，应在申报时如实说明，并补充相关证明材料，以避免因虚假申报或材料不实导致的税务风险。同时，企业应该根据打分表的要求逐项完善，并结合实际情况精心准备所需的各项证明材料。
此外，企业还应重视与高校的合作，积极开展多种形式的产学研合作。通过与高校的合作，企业可以获取专业知识和资源支持，提升研发能力和创新水平。同时，合作还能够促进双方的共同发展和互利共赢。因此，企业在准备打分表的过程中，应注重完善细节，并积极与高校展开合作，以提升评分表的质量和竞争力。
五、未及时享受研发费用加计扣除优惠
申报认定前三年没有享受研发费用加计扣除优惠。
没有做研发费用加计扣除对申报高新技术企业有影响，且需要说明原因。因高新技术企业申报书中需要填报“会计核算”、“高新研发专项审计”、“研发费用加计扣除”三个口径的研发费用投入情况，因此建议在企业汇算清缴时进行研发费用加计扣除申报。
六、科技成果转与项目研发不匹配
科技成果转化证明材料的时间、人员等与项目研发周期无法匹配。
企业在申报高新技术企业时，需要加强项目管理，并着重关注知识产权、研发立项和高新产品之间的关联性。全流程管理可以确保项目各个环节的有效控制，包括需求分析、研发过程、测试验证和市场推广。在提交科技成果转化的证明材料时，应力求严谨和多样化，并保持时间上的逻辑性。
此外，提供第三方证明材料如检测报告、新产品证书等，可以增强证明的可信度。这些做法有助于展示企业对知识产权的关注、项目管理能力，并提高成果转化的可信度和成功申报的机会。
七、知识产权集中补充申报
知识产权集中补充申报且与主导产品关联性不足。
根据《高新技术企业认定管理工作指引》，企业在申报高新技术企业时，需要重视知识产权的数量申报，并关注知识产权与主要产品（服务）的关联性。主要产品（服务）是指在技术上发挥核心支持作用，且收入占比超过60%的产品（服务）。在实践中，一些企业往往只注重知识产权的数量，而不重视其质量。然而，评审时是对知识产权的定量和定性双重评价，更注重知识产权与研发技术以及孵化产品（技术）之间的关联性和申报时间之间的逻辑性。企业应积极申报对产品或服务研发起核心支持作用的技术，并尽可能多地获取知识产权。