一、人员人工费用
人员人工费用包括企业科技人员的工资薪金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金，以及兼职、临时聘用等外聘科技人员的劳务费用。
重点难点
明确科技人员的定义为企业参与研发项目的科技人员(包括外聘人员)：
1、直接从事研发和相关技术创新活动人员;专门从事上述活动的管理人员;提供直接技术服务人员;累计实际工作时间在183天以上的人员。
2、非专职研发人员费用归集;
3、同一个科技人员在同一个年度中参与N个研发项目;
4、跨年度的人员人工费用(包括年终奖) 。
解决方法
1、立项报告：体现参与人员与预算;
2、整理完善好企业科技人员的背景资料(如参保证明、学历证明、项目分工等);
3、按研发项目，建立科技人员(研发人员)工时记录台账;(为会计师事务所出具研发费用专项审计报告及享受研发费用加计扣除政策，税务部门核查提供可溯源的依据)研发费用工时记录台账。
二、直接投入费用
直接投入费用是指企业为实施研究开发活动而实际发生的相关支出。包括以下：
1、直接消耗的材料、燃料和动力费用；
2、用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费；
3、用于研究开发活动的仪器、设备的运行维护、调整、检验、检测、维修等费用，以及通过经营租赁方式租入的用于研发活动的固定资产租赁费。
重点难点
1、 直接消耗的材料、燃料和动力费用(指非资产性材料、物资、设备所支出的费用);
2、生产用材料与研发用材料的区分;
3、材料的领用形成的废料、下脚料的处理(财务);
4、研究开发材料所形成的样品、样机及残次品的销售处理。
解决方法
1、领料单、燃料动力消耗单应注明用于项目的名称及研发人员的签字;
2、领用的材料与研发项目要能够匹配 ;
3、企业应整理好与项目关联的材料、物资等购入发票、入库单、领料单等;
4、与加计扣除特殊材料扣减表比较，重点是对研发形成的样品样机及残次品的销售进行综合区分。
三、折旧费用与长期待摊费用
折旧费用是指用于研究开发活动的仪器、设备和在用建筑物的折旧费。长期待摊费用是指研发设施的改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。
重点难点
1、折旧费用是指用于研究开发活动的仪器、设备;
2、在用建筑物的折旧费;
3、长期待摊费用是指研发设施的改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。
4、共用设备、建筑物在生产与研发中的费用分配。
解决方法
1、生产与研发共用的设备所用工时要能分清，按加计扣除政策，分不清的，不得加计扣除);
2、改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用必须真实为研发设施，方能摊销计入研发费用;
3、梳理好企业固定资产及长期待摊费用的发票、固定资产的申购单据，确定是否用于在研究开发项目中的应用，也就是内部管理程序及相关资料要完备，有项目审批、预算、决算、付款凭证等;
4、按各研发项目使用的工作量计算。
四、无形资产摊销费用
无形资产摊销费用是指用于研究开发活动的软件、知识产权、非专利技术（专有技术、许可证、设计和计算方法等）的摊销费用。
重点难点
1、只有购买的专有技术用于研发活动，在研发活动期间发生的无形资产摊销费才可以计入研发费用;
2、研发部门使用的管理、设计软件所成的无形资产摊销可入研发费用。
3、自行开发的无形资产的成本(费用)，由符合资本化条件后至达到预定 用途前发生的支出构成。(这里如果是已形成无形资产，在财务科目中是已进入资产类科目，而不是成本)。
解决方法
1、项目立项计划任务书中要求;
2、梳理购置无形资产时的协议或合同、发票、付款凭证等;
3、核查在项目中的摊销是否保持一致;4、无形资产费用在研发项目与其他项目之间分摊合理性。
五、设计费用
设计费用是指为新产品和新工艺进行构思、开发和制造，进行工序、技术规范、规程制定、操作特性方面的设计等发生的费用。包括为获得创新性、创意性、突破性产品进行的创意设计活动发生的相关费用。
重点难点
1、设计费用是指为新产品和新工艺进行构思、 开发和制造，进行工序、技术规范、规程制定、 操作特性方面的设计等发生的费用。包括为获得创新性、创意性、突破性产品进行的创意设计活动发生的相关费用;
2、明确设计费用与研发项目关联；
3、企业自己的设计费用，主要的人员人工发生的费用已在研发项目中归集;
4、企业外包给专一设计单位的合同，易与委托外部研究开发费用混淆;
5、企业外包或者委托的合同与研发项目的关联性。
解决方法
1、企业自己的研发活动中的发生的“设计费用”，应在项目计划任务书中表述;
2、如果涉及到产生知识产权的设计费用，需要签订委托研发合同;
3、外包的设计费用应梳理好合同、付款凭证。
六、装备调试费用与试验费用
装备调试费用是指工装准备过程中研究开发活动所发生的费用，包括研制特殊、专用的生产机器，改变生产和质量控制程序，或制定新方法及标准等活动所发生的费用。为大规模批量化和商业化生产所进行的常规性工装准备和工业工程发生的费用不能计入归集范围。试验费用包括新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费、田间试验费等。
重点难点
1、装备调试费用与设备购销合同的关系;
2、勘探开发技术的现场试验费与工程合同的关系。
3、区分常规性工装准备与研发项目中的装备;
4、区分一般工程与开发技术的勘探试验费。
解决方法
1、项目计划任务书要体现;
2、针对研发活动需要发生的装备调试费需在在签订购销合同中明确;
3、明确工程项目中的研发活动部分，厘清工程项目与研发项目中的勘探试验费。
七、委托外部研究开发费用
委托外部研究开发费用是指企业委托境内外其他机构或个人进行研究开发活动所发生的费用（研究开发活动成果为委托方企业拥有，且与该企业的主要经营业务紧密相关）。委托外部研究开发费用的实际发生额应按照独立交易原则确定，按照实际发生额的80%计入委托方研发费用总额。
重点难点
1、委托外部研究开发费用的实际发生额应按照独立交易原则确定，按照实际发生额的80%计入委托方研发费用总额;
2、 按独立交易原则;
3、按实际发生额的80%计入研发费用。
4、企业加工(定制)与工程合同中有关研发费用的处理;5、委托研发中，知识产权归属。
解决方法
1、对定制类、工程类的合同审查其中与研发活动的部分资料，属于技术开发的，并有实质性改进技术，需在合同中明确知识产权归属，最好将这部分的内容和费用签订为“委托研发”(受托方到所在地科技主管部门进行技术合同登记);
2、整理合同或协议、发票、支付凭证确认其发生的费用，如是关联交易，发生金额应按照独立交易原则确定。
八、其他费用
其他费用是指上述费用之外与研究开发活动直接相关的其他费用，包括技术图书资料费、资料翻译费、专家咨询费、高新科技研发保险费，研发成果的检索、论证、评审、鉴定、验收费用，知识产权的申请费、注册费、代理费，会议费、差旅费、通讯费等。此项费用一般不得超过研究开发总费用的20%，另有规定的除外。
重点难点
1、费用是否与研发相关；
2、同时参与多个项目的研发人员的差旅费如何分配至项目中；
3、如何避免知识产权相关费用发生时间不在项目研发周期内，导致该费用不可计入研发。
解决方法
1、研发人员的差旅费在报销单上标注项目编号；
2、知识产权尽量在项目中、后期进行申请，可规避上述知识产权相关费用发生时间不在项目研发周期内的问题。