以下是研发加计扣除中不能扣除的事项：
1. 企业主体相关：
非居民企业：非居民企业不能享受研发费用加计扣除政策。非居民企业是指依照外国（地区）法律成立且实际管理机构不在中国境内，但在中国境内设立机构、场所的，或者在中国境内未设立机构、场所，但有来源于中国境内所得的企业。
核定征收企业：实行核定征收企业所得税的企业，由于其财务核算不健全，不能准确核算研发费用，所以不能享受研发费用加计扣除政策。
2. 行业限制：
烟草制造业、住宿和餐饮业、批发和零售业、房地产业、租赁和商务服务业、娱乐业以及财政部和国家税务总局规定的其他行业，这些行业的主营业务企业不能享受研发费用加计扣除政策。此类行业通常并非以科技创新为主要业务方向，因此被排除在政策范围之外。
3. 研发活动类型限制：
企业产品（服务）的常规性升级：例如对现有产品功能的简单扩展、外观的常规改进等常规性的升级活动，不属于为了获得科学与技术新知识、创造性运用科学技术新知识或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而进行的研发活动，所以相关费用不能加计扣除。
对某项科研成果的直接应用：直接采用公开的新工艺、材料、装置、产品、服务或知识等科研成果，没有进行进一步的研发和创新，只是简单地应用已有的成果，这种情况下的相关费用不可以加计扣除。
企业在商品化后为顾客提供的技术支持活动：产品或服务已经商业化后，为满足客户使用过程中的技术支持需求所进行的活动，主要目的是保障产品或服务的正常使用，而非进行新的研发创新，所以这类活动的相关费用不能加计扣除。
对现存产品、服务、技术、材料或工艺流程进行的重复或简单改变：例如对生产工艺的小幅度调整、材料的常规替换等，没有实质性的技术改进和创新，相关费用不符合加计扣除的要求。
市场调查研究、效率调查或管理研究：这些活动主要是为了了解市场情况、提高企业运营效率或进行管理方面的优化，与科学技术的研发创新没有直接关系，因此相关费用不能加计扣除。
社会科学、艺术或人文学方面的研究：这些领域的研究通常不涉及科学技术领域的创新和改进，不属于研发费用加计扣除政策所支持的范围。
4. 费用归集与核算问题：
研发费用和生产经营费用未分别核算，划分不清的：企业应准确、合理地归集各项费用支出，将研发费用与生产经营费用分别核算。如果无法清晰划分两者的费用，那么不能享受研发费用加计扣除政策。
企业研发费用各项目的实际发生额归集不准确、汇总额计算不准确的：税务机关有权对其税前扣除额或加计扣除额进行合理调整，若存在严重的不准确情况，可能导致相关费用不能加计扣除。
5. 委托研发相关限制：
委托境外个人研发：企业委托境外个人进行的研发活动所发生的费用不能加计扣除。
受托研发方：受托方不得对委托方委托的研发费用进行加计扣除。