这里需要注意的是，高新技术企业认定程序相较于以前发生了以下几点变化：
1.高新技术企业资格认定不再设有复审环节；
2.申请高新技术认定的企业，提交的申请资料中新增“近一个会计年度高新技术产品《服务)收入专项审计或鉴证报告”以及“近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表”;
3.审查认定的公示时间由15个工作日减少至10个工作日，提高行政效率；
4.明确高新技术企业的自主报告事项：
(1)企业获得高新技术企业资格后，应于每年5月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表；
(2)高新技术企业发生更名或与认定条件有关的重大变化 (如分立、合并重组以及经营业务发生变化等)应在三个月内向认定机构报告。172号文件曾规定发生上述情况时，需于15日内向认定机构报告，32号文件报告时限放宽,更有利于纳税人；
(3)新增“未按期报告与认定条件有关重大变化情况，或累计两年未填报年度发展情况报表的，将被取消高新资格。”
5.新增高新技术企业跨认定机构管理区域搬迁时，高新资格的延续问题：
(1)企业于高新资格有效期内完成整体迁移的，资格继续有效；
(2)企业部分撤迁的，由迁入地认定机构重新认定；
(3)企业超过高新资格有效期进行整体迁移，32号文件对相关资格延续问题未子明确，实际操作中，应由迁入地认定机构重新进行高新资格认定。
6.企业存在偷、骗税行为的，不再作为取消高新技术资格的情形之一。
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