东莞和深圳的高新技术企业认证政策在总体上有相似之处，但也存在一些差异。以下是对这两个城市的高新技术企业认证政策的简要概述：
东莞
东莞的高新技术企业认定条件主要包括：
在中国境内（不含港、澳、台地区）注册的企业，通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，获得对其主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权。
对企业主要产品（服务）发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围，这些领域包括电子信息、生物与新医药、航空航天、新材料、高技术服务、新能源与节能、资源与环境、先进制造与自动化等。
企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%。
近三个会计年度的研发费用总额占销售收入总额的比例也有一定要求，具体比例根据企业的销售收入而定。
东莞的高新技术企业认定工作全年分3个批次进行，每家企业只能申报1次。认定通过的企业可以享受相关的优惠政策和措施。
深圳
深圳的高新技术企业认定管理办法主要规范深圳市高新技术企业的认定管理工作。其中，高新技术企业的认定条件包括：
在深圳注册一年（一个会计年度）以上，具有独立法人资格。
知识产权归属明确，没有知识产权争议，且达到一定的数量要求，如发明或者植物新品种1件以上，实用新型2件以上等。
从事高新技术及其产品的研发、生产和销售或者技术服务，单纯的从事商品销售的企业不能认定为高新技术企业。
深圳的高新技术企业认定工作由市科技主管部门和市财政主管部门共同实施，认定通过的企业可以享受研发资助等深圳市有关高新技术企业的优惠政策和措施。
总结，东莞和深圳的高新技术企业认证政策在认定条件、认定流程以及享受的优惠政策等方面都有一些差异。企业可以根据自身的实际情况和需要，选择适合自己的城市进行高新技术企业的认定。