依据高新技术企业认定办法相关规定，企业申请高新认定，需要对近三年的财务状况、研发费用支出情况及高新技术产品(服务)收入情况进行审计，出具专项审计报告和年度审计报告。一般高新企业年度报表审计以及研发费用专项审计，研发费用专项审计主要是核查公司的研发费用是否按规定入账，登记台账，研发费用归集分摊是否准确合理等等事项。
高新审计包括哪些报告
高新审计包括年度审计和专项审计两大类，共计5份报告，以25年申报为例：
1.近三年财税审计报告（3份）
即对企业近三个会计年度（2022、2023、2024年）财务状况进行审计，如历史年度已有符合条件的年审报告，申请高新时各提供一份正本即可，无需重新审计。
例外：实际经营不满三年的企业可按实际经营年限提供。
2.近一年高新收入专项审计（1份）
对企业近一个会计年度的高新技术产品收入、高新技术服务收入明细进行审计，并出具专项审计报告。
3.近三年研发费用专项审计（1份）
对企业近三个会计年度的研发费用明细、结构进行审计，并出具专项审计报告
例外：实际经营不满三年的企业可按实际经营年限提供。
高新审计难点
1.需要判断企业研发项目的性质
2.研发费用及高新收入的发生频率高，获取审计证据难度大
3.报告主要用于企业申办高新企业认定使用，财务专家拥有一票否决权，报告将影响高新申报成功率
高新审计流程
1、前期沟通
根据企业高新申报方案确定审计工作量，企业准备审计资料。
2、审计准备
3、下户审计
注册会计师现场进行审计取证，双方审核无误后，事务所出具报告。
4、出具报告