办理涉密信息系统集成乙级资质，需要向注册地的省级保密行政管理部门提出申请，并提交相关材料。以下是一般情况下申请涉密信息系统集成乙级资质需满足的条件和需提交的材料：
申请条件：
1. 在中华人民共和国境内依法成立三年以上的法人；
2. 无犯罪记录且近三年内未被吊销保密资质（资格），法定代表人、主要负责人、实际控制人未被列入失信人员名单；
3. 法定代表人、主要负责人、实际控制人、董（监）事会人员、高级管理人员以及从事涉密集成业务人员具有中华人民共和国国籍，无境外永久居留权或者长期居留许可，与境外人员无婚姻关系，国家另有规定的除外；
4. 具有从事涉密集成业务的专业能力；
5. 法律、行政法规和国家保密行政管理部门规定的其他条件；
6. 无外国投资者直接投资，且通过间接方式投资的外国投资者在申请单位中的出资比例最终不得超过20%；申请单位及其股东的实际控制人不得为外国投资者，外国投资者在申请单位母公司中的出资比例最终不得超过20%；在新三板挂牌的企业申请资质以及资质有效期内的，还应当符合参与挂牌交易的股份比例不高于总股本的30%，且实际控制人在申请期间及资质有效期内保持控制地位不变的条件。
申请材料（各地区有差异，建议提前咨询当地保密行政管理部门）：
1. 《涉密信息系统集成资质申请书》；
2. 企业营业执照或者事业单位法人证书复印件；
3. 在登记机关备案的章程复印件（须加盖工商行政管理部门印章）；
4. 法人股东的单位章程（须加盖工商行政管理部门印章）、营业执照、中华人民共和国居民身份证复印件；
5. 法定代表人、主要管理人员的中华人民共和国居民身份证复印件；
6. 资质人员名单（含姓名、性别、身份证号、岗位、职称或执业资格、涉密等级。屏蔽室建设类资质需另提供检测人员名单）；
7. 办公场所产权证书或租赁合同复印件；
8. 涉密业务研发及办公场所平面图（须标明位置、尺寸、面积。屏蔽室建设类资质需另提供加工场所平面图）；
9. 合同清单复印件（近3年相关业务，含合同编号、合同名称、委托方、合同金额、收入金额、签订时间、项目所涉地区、项目所涉行业、涉密等级和服务年限）；
10. 近3年完成的项目投资总值说明复印件（系统咨询和工程监理类提供）；
11. 企业年度报告原件；
12. 企业上2个年度缴税凭证复印件；
13. 科研项目材料原件（近5年企业牵头完成的，须附验收报告）；
14. 知识产权材料复印件（近5年获得的，如有科技奖励，需同时提供）；
15. 保密工作嘉奖材料复印件（近5年企业保密工作获国家级、省部级的嘉奖材料）；
16. 论文复印件（近3年在中文核心期刊或者省部级主办的公开出版刊物发表的保密管理或技术有关）；
17. 保密设施设备清单（含涉密信息系统、信息设备。屏蔽室建设类资质需另提供加工设备、检测设备清单；数据恢复资质需另提供备件库清单），原件和复印件各1份；
18. 单位基本管理制度原件；
19. 保密管理情况报告原件（含保密组织机构设置、保密制度建设、涉密人员审查及教育管理、保密要害部位管理、保密设备配备及设施建设、涉密载体使用管理、涉密信息系统集成业务流程管理情况）；
20. 保密风险评估报告原件；
21. 取得的行业主管部门颁发的资质认证证书复印件；
22. 人员身份情况说明（资质（申请）单位董事会、监事会、高管人员，附身份证复印件，并明确是否拥有境外永久居留权），原件和复印件各1份；
23. 资质（申请）单位股东情况说明原件（包括法人股东单位性质或自然人股东国籍、持股比例等。其中，涉及企业法人股东应提供法人股东相应股东股权结构图，追溯至自然人或国有资本；追溯中如遇上市公司，需列明其持有5%以上全部股东名单，且不披露信息持股股东持股总额不超过5%）；
24. 间接投资的外方投资者及其一致行动人在申请单位最终出资比例说明原件；
25. 申请单位的实际控制人及所有股东的实际控制人为中方的声明原件（须法人股东盖章，自然人股东签字）；
26. 外方投资者及其一致行动人在申请单位母公司最终出资比例说明原件；
27. 母公司实际控制人为中方的声明原件；
28. 资质（申请）单位持有涉密资质期间，母公司为保证实际控制人始终为中方和外方投资者及其一致行动人最终出资比例不超过20%所制定的控制措施原件；
29. 母公司当前实际控制人构成情况及控股比例情况说明原件；
30. 母公司当前股份构成情况原件（包括股票发行规则、流通股/非流通股比例、非流通股中限售比例、持股比例前十名的股东清单及情况说明、最新版本的财务审计报告、近期股份变更情况等）；
31. 母公司外资股东情况说明原件（外资股东清单及介绍，包括外籍自然人或外资机构介绍、持股比例、持股方式等）；
32. 及时申报的声明原件（母公司承诺持股5%以上的股东中存在外籍自然人、外资法人或外方控股法人，及控股股东发生变化时及时提供）；
33. 母公司承诺信息披露不违背国家有关保密管理规定的声明原件；
34. 资质（申请）单位持有涉密资质期间，为保证控股股东不变及参与挂牌交易的股份比例不高于总股本的30%所制定的控制措施原件；
35. 股东不向外籍自然人、外资机构或身份不明确人转让股份的声明原件；
36. 资质（申请）单位承诺信息披露不违背国家有关保密管理规定的声明原件；
37. 资质（申请）单位当前股份构成情况原件（包括股票发行规则、主要股东清单及情况说明、近一年的财务审计报告、近半年股份变更情况等）；
38. 董事会、监事会、高管人员、涉密人员、保密工作领导小组及保密管理办公室名单及变动情况说明原件（附身份证复印件，其中董事会、监事会、高管人员需明确是否拥有境外永久居留权）。
需注意，申请书及相关材料不得涉及国家秘密，申请单位应当对申请材料的真实性和完整性负责。