以下是高新技术企业认定管理工作指引的一些主要方面等内容（以通常包含的要点为例，不同地区可能会结合实际有细节差异等情况） ：
一、认定机构及职责
（通常）由科技部、财政部、税务总局组成全国高新技术企业认定管理工作领导小组，领导小组下设办公室（设在科技部火炬高技术产业开发中心）。省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政部门、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构，认定机构下设办公室（设在省级、计划单列市科技行政主管部门） ，负责处理日常工作。
二、认定程序
1. 自我评价：企业对照《高新技术企业认定管理办法》（以下简称《认定办法》）第十条进行自我评价。
2. 注册登记：企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写《企业注册登记表》，并通过网络系统上传至认定机构完成身份确认获得用户名和密码。
3. 准备并提交材料：企业根据用户名和密码进入网上认定管理系统提交以下材料：
《高新技术企业认定申请书》；
企业营业执照副本、税务登记证书（复印件）；
经具有资质并符合条件的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用（实际年限不足三年的按实际经营年限）、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计报告；
经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）；
技术创新活动证明材料，包括知识产权证书、独占许可协议、生产批文，新产品或新技术证明（查新）材料、产品质量检验报告，省级（含计划单列市）以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料。
4. 组织审查与认定
认定机构收到企业申请材料后，按技术领域从专家库中随机抽取不少于5名相关专家，并将电子材料（隐去企业身份信息）通过网络工作系统分发给所选专家。
认定机构收到专家的评价意见和中介机构的专项审计报告后，对申请企业提出认定意见，并确定高新技术企业认定名单。应在收到企业申请材料后60个工作日内完成。
5. 公示及颁发证书：经认定的高新技术企业，在“高新技术企业认定管理工作网”上公示15个工作日。公示有异议的，由认定机构对有关问题进行查实处理，属实的应取消高新技术企业资格；公示无异议的，填写高新技术企业认定机构审批备案汇总表，报领导小组办公室备案后，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并由认定机构颁发“高新技术企业证书”（加盖科技、财政、税务部门公章） 。高新技术企业资格自颁发证书之日起生效，有效期为三年。
三、高新复审程序
1. 高新技术企业资格期满前三个月内企业应提出复审申请 ，不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。
2. 高新技术企业复审须提交近三个会计年度开展研究开发等技术创新活动的报告，经具有资质并符合本《工作指引》相关条件的中介机构出具的近三个会计年度企业研究与开发费用、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计报告。复审时应对照《认定办法》第十条进行审查，重点审查第（四）款。对符合条件的企业，按照第十一条（四）款进行公示与备案，并由认定机构重新颁发“高新技术企业证书”（加盖科技、财政、税务部门公章）。通过复审的高新技术企业资格自颁发“高新技术企业证书”之日起有效期为三年。有效期满后，企业再次提出认定申请的，按初次申请办理。
四、中介机构相关
中介机构的职责
接受企业委托，依据《认定办法》和《工作指引》客观公正地对企业的研究开发费用和高新技术产品（服务）收入进行专项审计，出具审计报告。
中介机构应据实出具专项审计报告，发现有弄虚作假等行为的，取消其参与认定工作资格，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。
五、专家相关
1. 专家条件
具有中华人民共和国公民资格，在中国大陆境内居住和工作；
具有高级技术职称，并具有《重点领域》内相关专业背景和实践经验，对该技术领域的发展及市场状况有较全面的了解；
具有良好的职业道德，坚持原则，办事公正；
了解国家科技、经济及产业政策，熟悉高新技术企业认定工作有关要求。
2. 专家库及专家选取办法
专家库内的专家应具备《重点领域》内相关技术专长。应结合当地实际情况，在相关技术领域内熟悉子领域技术的专家数量不少于评审所需专家的5倍。
建立专家聘任制度，专家库内的专家实行动态管理，并由认定机构将专家备案表统一报领导小组办公室备案。
认定机构根据企业主营产品（服务）所属技术领域，随机抽取该领域专家开展认定工作。
3. 专家职责
审查企业申报的研究开发项目是否符合《认定办法》及《工作指引》的要求。
按照独立公正的原则对企业的研究开发活动情况、核心自主知识产权及主营业务等进行评价，并填写《高新技术企业认定专家评价表》，按要求上传给认定机构。
填写《高新技术企业认定专家组综合评价表》，按要求上传给认定机构，为认定机构提供咨询意见。
4. 专家纪律
应按照《认定办法》、《工作指引》的要求，独立、客观、公正地对企业进行评价。
不得压制不同观点和其他专家意见，不得做出与客观事实不符的评价。
不得披露、使用申请企业的技术经济信息和商业秘密，不得复制保留或向他人扩散评审材料，不得泄露评审结果。
不得利用其特殊身份和影响，采取非正常手段为申请企业认定提供便利。
未经认定机构许可不得擅自进入企业调查。
不得收受申请企业给予的任何好处和利益。
六、费用归集测度
企业研究开发费用强度是高新技术企业认定中的重要环节之一。企业须按规定如实填报研究开发活动（项目）情况表；同时企业应正确归集研发经费，由具有资质并符合本《工作指引》相关条件的中介机构进行专项审计。
1. 研究开发活动的确认
研究开发活动定义为获得科学与技术（不包括人文、社会科学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）而持续进行的具有明确目标的活动。
判断依据和方法有行业标准判断法、专家判断法、目标或结果判定法（辅助标准） 等。
2. 研发费用的归集：包括人员人工、直接投入、折旧费用与长期待摊费用、设计费用、装备调试费、无形资产摊销、委托外部研究开发费用、其他费用等方面的归集要求和核算规定等。
3. 高新技术产品（服务）收入：明确高新技术产品（服务）收入的定义和范围等。